Thanh tra thuế là một trong những hoạt động thường xuyên mà doanh nghiệp Việt Nam phải đối mặt, đặc biệt khi cơ quan thuế ngày càng chú trọng kiểm tra bản chất giao dịch thay vì chỉ hình thức chứng từ. Kế toán trưởng – người đại diện chính trong việc giải trình – cần chuẩn bị kỹ lưỡng để tránh rủi ro bị truy thu, phạt chậm nộp hoặc xử phạt vi phạm hành chính.
Dựa trên kinh nghiệm thực tế từ các cuộc thanh tra (theo Luật Quản lý thuế 2019, Quyết định 970/QĐ-TCT về quy trình kiểm tra thuế, và các chia sẻ từ cộng đồng kế toán), dưới đây là 7 câu hỏi thường gặp nhất mà đoàn thanh tra hay đặt ra. Kế toán trưởng nên chuẩn bị câu trả lời rõ ràng, kèm chứng từ hỗ trợ để bảo vệ quyền lợi doanh nghiệp.
- Chi phí này có chứng từ hợp lệ và đầy đủ không?
Đây là câu hỏi phổ biến nhất, thường nhắm vào các khoản chi tiếp khách, quảng cáo, tư vấn, vận chuyển, hoặc chi phí khấu hao TSCĐ.
Để đảm bảo kế toán cần chuẩn bị kiểm tra bộ chứng từ đầy đủ: hóa đơn GTGT hợp lệ (đúng quy định từ 01/7/2025: ≥5 triệu phải chuyển khoản), hợp đồng, biên bản nghiệm thu/bàn giao, phiếu xuất nhập kho (nếu có), chứng từ thanh toán (chuyển khoản ngân hàng). Bởi nếu thiếu một trong các yếu tố (ví dụ: hóa đơn sai tên, mã số thuế, hoặc thanh toán tiền mặt vượt ngưỡng), chi phí có thể bị loại toàn bộ khi tính thuế TNDN và không khấu trừ GTGT.
- Vì sao chi phí này tăng/giảm bất thường so với năm trước hoặc kỳ trước?
Đoàn thanh tra thường so sánh dữ liệu qua các kỳ để phát hiện dấu hiệu bất hợp lý
Đối với câu hỏi này cần chuẩn bị: Lập bảng so sánh chi phí theo kỳ, kèm giải trình lý do kinh tế (mở rộng thị trường, thay đổi giá nguyên liệu, dự án mới…). Sử dụng báo cáo quản trị nội bộ để hỗ trợ.
- Doanh thu – chi phí có khớp với báo cáo tài chính và tờ khai thuế không?
Câu hỏi này kiểm tra tính nhất quán giữa sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, tờ khai thuế GTGT, TNDN, và dữ liệu từ bên thứ ba (ngân hàng, đối tác).
Kế toán cần chuẩn bị đối chiếu số dư TK 131, 331, 133, 3331, 3334… với tờ khai; kiểm tra chênh lệch (nếu có) và lý do (điều chỉnh, hoàn thuế…). Chuẩn bị file dữ liệu Excel chi tiết nếu cần. Cần lưu ý chênh lệch nhỏ cũng có thể bị yêu cầu giải trình nếu liên quan đến rủi ro cao.
- Hóa đơn đầu vào này có phục vụ đúng hoạt động kinh doanh không?
Đặc biệt với hóa đơn nhỏ lẻ, mua online, tiếp khách, hoặc chi phí cá nhân hóa (ăn uống, xăng xe, điện thoại).
Kế toán cần chuẩn bị danh sách khách mời (nếu tiếp khách), quyết định công tác, biên bản cuộc họp, email trao đổi chứng minh liên quan đến hợp đồng/doanh thu. Nếu không chứng minh được mối liên hệ với kinh doanh, toàn bộ khoản chi bị loại.
- Dòng tiền thanh toán có logic và khớp với hợp đồng không?
Thanh tra thường kiểm tra dòng tiền qua sao kê ngân hàng để phát hiện thanh toán lòng vòng, chuyển khoản rồi rút tiền mặt ngay, hoặc thanh toán không đúng nội dung hợp đồng.
Kế toán cần chuẩn bị: Sao kê ngân hàng đầy đủ kỳ thanh tra, đối chiếu với phiếu chi/ứng trước, hợp đồng. Đặc biệt chú ý các khoản ≥5 triệu (phải không dùng tiền mặt theo quy định mới).
- Bên bán/nhà cung cấp có rủi ro cao không?
Cơ quan thuế đối chiếu dữ liệu với hệ thống TMS/TPH để kiểm tra nhà cung cấp.
Kế toán cần chuẩn bị: Kiểm tra trước ngành nghề, tình trạng hoạt động, mã số thuế của đối tác (qua cổng thông tin quốc gia về đăng ký kinh doanh hoặc ứng dụng iHTKK). Lưu trữ email, hợp đồng, biên bản làm việc với đối tác.
Nếu bên bán bị liệt vào danh sách rủi ro, hóa đơn của bạn có thể bị loại dù đầy đủ chứng từ.
- Các khoản thu nhập khác, phụ cấp, hỗ trợ nhân viên có quy chế rõ ràng và kê khai đúng không?
Thường hỏi về phụ cấp xăng xe, điện thoại, ăn trưa, thưởng, hoặc thu nhập từ chuyển nhượng vốn/cổ phần.
Kế toán cần chuẩn bị: Quy chế tài chính nội bộ, hợp đồng lao động ghi rõ khoản phụ cấp, bảng lương chi tiết, tờ khai thuế TNCN. Đối với doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, chuẩn bị hồ sơ để hưởng ưu đãi theo Nghị quyết 198/2025/QH15 (nếu áp dụng). Nếu thiếu quy chế, có thể bị coi là thu nhập chịu thuế TNCN hoặc không được trừ khi tính TNDN.
Nói chung, trước khi đoàn thanh tra đến (thường sau khi nhận Quyết định thanh tra/kiểm tra), kế toán trưởng nên:
- Rà soát toàn bộ hồ sơ pháp lý, chứng từ gốc, sổ sách kế toán.
- Sắp xếp theo bộ (hợp đồng + chứng từ + thanh toán).
- Lập danh sách câu hỏi dự kiến và câu trả lời kèm chứng cứ.
- Giữ thái độ hợp tác, trung thực khi trả lời (theo quy định tại Luật Quản lý thuế).
Một cuộc thanh tra suôn sẻ không chỉ giúp doanh nghiệp tránh truy thu, phạt (có thể lên đến hàng trăm triệu), mà còn khẳng định hệ thống kiểm soát nội bộ tốt. Hãy coi đây là cơ hội để hoàn thiện quy trình kế toán – thuế thay vì nỗi lo!
Nếu doanh nghiệp bạn đang chuẩn bị đón đoàn thanh tra, hãy bắt đầu ngay từ hôm nay để tránh những sai sót đáng tiếc.