Kiểm tra thuế là nỗi lo thường trực của nhiều kế toán và lãnh đạo doanh nghiệp. Có những công ty hoạt động bình thường nhiều năm nhưng đột nhiên nhận được quyết định kiểm tra thuế. Vậy khi nào doanh nghiệp bị kiểm tra thuế? Kiểm tra định kỳ hay đột xuất? Dựa trên quy định hiện hành, bài viết này sẽ giúp bạn hiểu rõ các trường hợp dễ bị kiểm tra thuế nhất.

Kiểm tra thuế định kỳ
Cơ quan thuế xây dựng kế hoạch kiểm tra hàng năm dựa trên phân tích rủi ro. Doanh nghiệp có nguy cơ cao sẽ nằm trong danh sách kiểm tra định kỳ.
Các trường hợp thường bị kiểm tra định kỳ:
- Doanh nghiệp có quy mô lớn, doanh thu trên 200 tỷ/năm hoặc vốn đầu tư lớn.
- Doanh nghiệp thuộc ngành nghề rủi ro cao (xây dựng, thương mại điện tử, xuất nhập khẩu, bất động sản, logistics…).
- Doanh nghiệp có dấu hiệu kê khai lỗ liên tục nhiều năm nhưng vẫn mở rộng đầu tư, mua sắm tài sản.
- Doanh nghiệp có giao dịch với bên liên kết (liên kết nội bộ) hoặc giao dịch với doanh nghiệp có rủi ro về hóa đơn.
- Doanh nghiệp có tỷ lệ khấu trừ thuế GTGT cao bất thường hoặc hoàn thuế lớn.
- Doanh nghiệp thay đổi người đại diện pháp luật, địa chỉ trụ sở nhiều lần.
- Doanh nghiệp thuộc danh sách ưu tiên kiểm tra của Tổng cục Thuế hoặc Cục Thuế địa phương.
Thông thường kiểm tra định kỳ sẽ thường 1–3 năm/lần tùy theo mức độ rủi ro.
Kiểm tra thuế đột xuất
Đây là hình thức kiểm tra không nằm trong kế hoạch năm, được thực hiện khi cơ quan thuế phát hiện dấu hiệu vi phạm.
Các trường hợp dễ bị kiểm tra thuế đột xuất:
- Nhận được tin báo, tố cáo từ cá nhân hoặc tổ chức về hành vi trốn thuế, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp.
- Doanh nghiệp bị thanh tra, kiểm tra từ cơ quan khác (Công an, Thanh tra Chính phủ…) và chuyển hồ sơ sang thuế.
- Doanh nghiệp có biến động bất thường về doanh thu, chi phí hoặc số thuế phải nộp so với các năm trước.
- Hoàn thuế GTGT số lượng lớn hoặc hoàn thuế liên tục nhiều kỳ.
- Sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp “ma”, hóa đơn khống hoặc giao dịch với doanh nghiệp nằm trong danh sách rủi ro cao.
- Kê khai sai sót lớn, kê khai không đúng quy định nhiều lần.
- Doanh nghiệp giải thể, phá sản, tạm ngừng hoạt động nhưng còn nợ thuế hoặc có dấu hiệu chuyển nhượng tài sản.
- Doanh nghiệp có giao dịch quốc tế lớn, chuyển giá, hoặc liên quan đến các hiệp định thuế song phương.

Những doanh nghiệp nào dễ bị “soi” nhất trong thời gian gần đây
- Doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử nhưng kê khai không khớp dữ liệu với hệ thống của cơ quan thuế.
- Doanh nghiệp nhỏ và vừa nhưng chi phí lớn, khấu trừ thuế cao.
- Doanh nghiệp có nhiều giao dịch tiền mặt hoặc thanh toán không chứng minh được nguồn gốc.
- Doanh nghiệp chuyển đổi từ hộ kinh doanh lên doanh nghiệp nhưng kê khai không liên tục.
- Doanh nghiệp thuộc lĩnh vực thương mại điện tử, dịch vụ số, vận tải, xây dựng.
Doanh nghiệp nên làm gì để giảm rủi ro bị kiểm tra thuế?
- Giữ hệ thống sổ sách kế toán rõ ràng, minh bạch và nhất quán.
- Sử dụng hóa đơn điện tử đúng quy định, khớp với dữ liệu khai thuế.
- Lưu trữ đầy đủ chứng từ gốc, hợp đồng, biên bản bàn giao.
- Xây dựng quy chế nội bộ về chi phí, phụ cấp, tiếp khách rõ ràng.
- Kiểm tra định kỳ tính hợp lệ của nhà cung cấp trước khi giao dịch.
- Hợp tác tốt với cơ quan thuế, giải trình kịp thời khi có yêu cầu.

Kiểm tra thuế định kỳ hay đột xuất đều xuất phát từ nguyên tắc quản lý rủi ro. Doanh nghiệp càng minh bạch, tuân thủ tốt quy định thì nguy cơ bị kiểm tra càng thấp. Ngược lại, những sai sót nhỏ lặp lại nhiều lần rất dễ khiến doanh nghiệp rơi vào “tầm ngắm” của cơ quan thuế.
Nếu doanh nghiệp của bạn đang có dấu hiệu thuộc một trong các trường hợp trên, nên chủ động rà soát lại hồ sơ thuế và chuẩn bị sẵn sàng cho các buổi giải trình. Mọi vấn đề thắc mắt, khách hàng có thể liên hệ với chúng tôi để được giải đáp.
